Los principales objetivos del JBQ son:

Cultivar, inventariar, conservar, exhibir y difundir el conocimiento de las principales especies de la flora nativa andina del Ecuador, presentándolas al público ecuatoriano y extranjero de una manera estética y creativa para su conocimiento y distracción.

Servir al público ecuatoriano como un centro de educación ambiental, brindando información sobre la flora del Ecuador, los ecosistemas terrestres de los Andes, la conservación de la flora y la jardinería utilizando las especies nativas.

Funcionar como un centro de rescate y conservación ex situ de la flora nativa andina del Ecuador y un centro de investigación sobre la conservación, cultivo y manejo de las especies, siendo el principal colaborador técnico el Herbario Nacional del Ecuador.

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